Classé 2ème du championnat International de F3000, qu'il disputait chez Super Nova, et, en même temps, pilote d'essais chez Benetton, l'Australien débute chez Minardi, qui appartient à son compatriote Paul Stoddart.

Pour sa première saison avec jaguar en 2003, Webber a pris un tout autre volume, qui, s'il le confirme en 2004, pourrait lui attirer les grâces des top-teams. Le meilleur résultat de Webber n’est autre qu’une 5è place. Le fait qu’il l’ait acquise lors de son premier Grand-Prix et à bord d’une Minardi plaide en sa faveur. Réputation surfaite ? Le plus gros défi de Webber sera de démontrer le contraire, maintenant qu’il est intégré dans l’un des top teams du plateau. Mark est intelligent, bon analyste des données, rapide et agressif ; il possède donc tous les outils pour bien faire et mettre sa carrière sur orbite... si la FW27 le lui permet. Si ce n’est pas le cas, son duel avec Nick Heidfeld servira de valeur étalon. Webber n’a jamais eu à terrasser un pilote aussi rapide et son premier obstacle sera de faire entendre raison à l’Allemand.

Tout avait bien commencé : à Bahreïn, pour l'ouverture du championnat, il finit 6eme. En Malaisie, alors 4eme, Mark est trahis par son moteur, quelques tours après son équipier Rosberg. Le sort s'acharne sur Webber, à domicile, en Australie, il mène la course durant 2 tours avant de se ranger sur le côté : transmission cassée. 3 points à Imola et un dépassement sur Raikkonen plus tard, il retombe dans les oubliettes, abandon en Europe, 9eme en Espagne. A Monaco, il se qualifie 2eme, derrière Alonso et devant Raikkonen. 3eme après une erreur, il mène durant un tour... avant d'abandonner à nouveau ! Le reste de la saison fut pire encore !
 
Il s'accroche au départ en Grande Bretagne et réussit à finir le GP du Canada, mais en 12eme position seulement. Nouvel accrochage aux Etats-Unis puis c'est un pneu qui éclate en France, et 15 jours plus tard, en Allemagne, c'est à nouveau le moteur. En Hongrie, il se qualifie 5eme... mais une sortie de piste au 1er tour le ramène aux stands à pieds. Il voit le bout du tunnel en Turquie, avec une 10eme place à la clef. Ironie du sort, à Monza, circuit où les moteurs sont terriblement sollicités, il finit la course ! (10eme également) Mark marque les premiers points de Williams depuis le Grand prix d'Europe à Shanghai, où il termine 8eme. Victime d'un accident au Japon, il sera bousculé par son équipier Rosberg au Brésil... C'est la seconde fois que Mark abandonne au Brésil après un accrochage avec son équipier.

En 2007, il a rejoint l'écurie Red Bull où la monoplace conçue par Adrian Newey - équipée d'un V8 Renault - n'a pas été un exemple de fiabilité. L'Australien espère avoir enfin - en 2008 - les moyens d'exprimer pleinement son talent au volant.