Jeune adulte, Jean Todt se passionne pour le sport automobile et tremble devant les exploits de ses idoles d'alors, Jim Clark et Dan Gurney. Rapidement, le démon de la compétition le démange et il emprunte la Mini Cooper S de son père pour s'inscrire à ses premiers rallyes. Mais conscient de ses limites en tant que pilote, Todt préfère laisser le volant à un ami pour se concentrer sur le co-pilotage. Un rôle de l'ombre, certes, mais dans lequel les qualités d'organisateur de Jean Todt font merveille. A partir de 1969, Jean Todt commence à se frotter au gratin mondial de la discipline. On le retrouve les années suivantes aux cotés de pilotes tels que Jean-Pierre Nicolas, Rauno Aaltonen, Ove Andersson ou encore Hannu Mikkola et Guy Frequelin. En 1981, avec Guy Frequelin, il contribue notamment au titre mondial des constructeurs de Talbot (une filiale de Peugeot)

Les fonctions de Jean Todt déborde progressivement du strict cadre de la navigation. Il s'implique fortement dans la gestion de l'équipe et il joue aussi un rôle d'interface entre les équipages et la fédération. Lorsque Todt se retire de la compétition, c'est donc presque naturellement qu'il se voit confier la direction sportive de Peugeot. Il crée alors la structure PTS (Peugeot Talbot Sport), destinée à faire briller la marque au lion en compétition.

Sous l'impulsion de Todt, Peugeot fait son retour dans le championnat du monde des rallyes que la marque va outrageusement dominer deux saisons durant avec la fameuse 205 Turbo 16 Groupe B qui porte Timo Salonen puis Juha Kankkunen aux titres mondiaux en 1985 et 1986. Mais l'accident mortel dont est victime Henri Toivonen sur sa Lancia au Tour de Corse 1986 incite la FIA à interdire les Groupe B qu'elle juge trop rapides et trop dangereuses. Obligé de changer son fusil d'épaule, Jean Todt réoriente les Lionnes vers les Rallyes-Raid pour une nouvelle période de domination. Avec les 205, puis avec les 405. C'est aussi à cette période que Jean Todt acquiert une notoriété qui dépasse le strict cadre du sport-automobile. Lors du Dakar 1987, pour stopper les ardeurs de ses deux pilotes Ari Vatanen et Jacky Ickx qui se disputent farouchement la victoire au risque de compromettre les intérêts de la marque, Jean Todt décide de choisir le nom du vainqueur à pile ou face avec une pièce de 10 F. L'affaire fera grand bruit.

Quatre fois victorieux d'affilée au Paris-Dakar, Peugeot n'a rapidement plus rien à prouver dans le désert et passe le relais aux cousines de chez Citroën pour mieux se concentrer sur le nouveau défi mené par Jean Todt : les 24 heures du Mans. La splendide Peugeot 905 effectue ses débuts dans le championnat du monde des sports-prototype à la fin de la saison 1990 avec Keke Rosberg et Jean-Pierre Jabouille au volant. Par manque de préparation, les 905 ne brillent pas au Mans en 1991, mais prennent leur revanche en 1992 (avec l'équipage Blundell-Dalmas-Warwick), avant de s'offrir un sensationnel triplé en 1993 (victoire de l'équipage Bouchut-G.Brabham-Hélary) . Entre temps, Jean Todt aura vainement essayé de convaincre sa direction de se lancer dans la création d'une écurie de F1 100% Peugeot. Peu de temps après, Peugeot finira pas succomber aux sirènes de la F1, mais en tant que simple motoriste et avec une politique manquant cruellement de souffle et qui se soldera par un cuisant échec. Jean Todt ne sera pas là pour assister à ce fiasco.

Au lendemain du triplé réalisé par Peugeot au Mans, Todt est appelé au chevet de la Scuderia Ferrari par son nouveau président, Luca di Montezemolo. Premier étranger à occuper un tel poste, Todt démarre officiellement ses fonctions le 1er Juillet 1993 à l'occasion du GP de France

La prestigieuse écurie italienne, minée par les conflits internes, est complètement désorganisée et les belles Rouges font de la figuration sur les Grand Prix. La tache qui attend Todt pour remettre Ferrari sur la voie su succès est titanesque et beaucoup l'imagine ne durer que quelques mois à son poste. Dès le début, sous l'impulsion de Todt, les Ferrari retrouvent des couleurs. Au GP d'Allemagne 1994, tout juste un an après la prise de fonction de Todt, Gerhard Berger offre à la Scuderia son premier succès depuis 4 ans. Les résultats sont encourageants mais Ferrari peine à rivaliser avec les Williams et les Benetton. Un palier supplémentaire dans la reconstruction de Ferrari doit être franchis et il passe fin 95 par le recrutement de l'Allemand Michael Schumacher, le meilleur pilote de sa génération. Unanimement respecté, Schumacher accomplit des prouesses en piste et parvient à fédérer toute l'équipe autour de lui. Par son autorité naturelle, Schumacher contribue en grande partie à sauver la tête de Jean Todt, mis en grosse difficulté par la grave crise sportive traversée par Ferrari au coeur de l'été 1996. Solidaire comme elle ne l'a jamais été, la Scuderia Ferrari repart de plus belle et remporte coup sur coup deux très importantes victoires en Belgique et en Italie. En fin de saison, Todt met à l'écart le directeur technique John Barnard, difficilement gérable, et recrute Rory Byrne et Ross Brawn, tous deux en provenance de Benetton. Avec Schumacher, Byrne et Brawn, Todt vient de constituer une équipe de rêve qui va bientôt écraser la F1.

Ferrari manque le titre mondial des pilotes en 97,98 et 99, à chaque fois lors de l'ultime manche de la saison. En 1999, la Scuderia décroche toutefois son premier titre des constructeurs depuis 1983. Mais à partir de 2000, la Scuderia sera intraitable, Schumacher s'octroyant cinq titres mondiaux consécutifs. Du jamais vu dans l'histoire de la F1.

Toujours Directeur de la gestion sportive de Ferrari, Jean Todt est en outre depuis le 1er Juin 2004 le Directeur Général de la marque.