La FISA devint la propriété de Balestre et l'utilisation du pouvoir que cela conférait à ce français à la personnalité controversée, pompeuse et parfois incompréhensible, contraignit la F1 à aller là où il voulait la mener. Il était inévitable que cela l'amène à entrer en conflit avec les autres acteurs principaux de ce sport, les patrons d'écuries, avec à leur tête Bernie Ecclestone et Max Mosley.

Les luttes pour le pouvoir aboutirent en 1981 à la guerre FISA/FOCA qui se termina dans une impasse, Balestre, appuyé par Ferrari, acceptant d'autoriser Ecclestone à exploiter les droits publicitaires de la Formule 1 au nom de toutes les écuries. Ceci aurait pu apparaître comme une défaite infligée au président de la FISA, mais le marché conclu permit la création d'une énorme source de revenus au bénéfice de la FIA, et Balestre se montra capable d'utiliser la situation de manière astucieuse pour renforcer son pouvoir. En 1985, il devint également président de la FIA.

Balestre ne fit jamais preuve d'un grand talent dans sa façon de gérer les conflits mais le fait que son pouvoir repose sur des bases établies avec adresse, de même que son refus de céder sur les points qu'il considérait comme important signifiait que la plupart du temps, il obtenait ce qu'il voulait.

Il se montrait particulièrement fier de ses réalisations en matière de sécurité. En 1982, et malgré la levée de boucliers de la part des écuries, il fit promulguer l'interdiction de l'effet de sol aérodynamique. Trois ans plus tard, déterminé à en finir avec l'ère du turbo, il s'en prenait à Ferrari en mettant en avant son intention de réduire à la fois les coûts et la vitesse, et la menace formelle brandie par la grande écurie Italienne de se tourner vers la course en Indycar ne put l'en faire démordre. Ferrari battit en retraite mais sauva la face - de même que la crédibilité de ce sport, au moins dans les mot - en insistant pour que les V12 soient autorisés dans la nouvelle F1 3,5 litres.

L'intention de Jean-Marie Balestre était de ne pas pousser l'exotisme au delà du V8, ce qui aurait été un désastre. Le compromis engendra une faille qui aboutit à la construction par Renault d'un moteur V10, et la forme prise par ce sport au cours des années 90 trouve son origine dans cet épisode digne des maquignons. En 1986, Balestre subit une intervention de chirurgie cardiaque mais il se rétablit rapidement et se retrouva très vite en conflit avec les écuries de F1 à propos des voitures à fond plat. Là encore, il obtint ce qu'il souhaitait.

A la fin des années 80, la façon autoritaire avec laquelle il a traité des événements tels que la collision si controversée entre Ayrton Senna et Alain Prost à Suzuka en 1989 fit naître de sérieuses interrogations quant à ses facultés d'analyse. Senna l'accusa publiquement de manipuler le championnat du monde en faveur de Prost. Le Brésilien fut contraint de se rétracter mais cet épisode marquait pour Balestre le commencement de la fin.

En 1991, il fut défait par Max Mosley dans une élection ouverte pour le contrôle de la FISA. Cet épisode n'était qu'un pas vers le contrôle de la FIA elle-même, et après avoir déboulonné Balestre, Mosley ne fut pas long à tailler la FISA en pièces et à rétablir le contrôle immédiat de la FIA sur le sport.

Les années passées par Balestre à la tête de ce sport, coïncidèrent avec une période de développement prodigieuse. Au début, il combattit Ecclestone mais progressivement les deux hommes en vinrent à penser ue le fait de travailler ensembles serait un bien meilleurs modus vivendi et cela servit leurs intérêts respectifs. La FIA se développa grâce aux investissements financiers provenant de ce sport et Balestre s'en assura le contrôle. Ce n'est que par la suite que Mosley transforma le FIA en un groupe de pression efficace au service du monde automobile.

Ceci n'était pas le style de Balestre, compétiteur dans l'âme et qui, bien que toujours tenté par la polémique, et pas toujours à juste titre, croyait passionnément que tout ce qu'il faisait servait sans qu'il soit permis d'en douter, les intérêts de la Formule 1. Dans le domaine de la sécurité, la confiance qu'il affichait n'était probablement pas déplacée.